De geschiedenis van boerderij Watervliet gaat terug tot ongeveer halverwege de 19e eeuw. De stolpboerderij is destijds opgetrokken uit ruwe houten en soms zelfs ronde boomstammen met de schors er nog om. Dat de boerderij er na 150 jaar nog zou staan in dezelfde staat had men toen vast niet verwacht! Ter vergelijking: van de molen die een eind verder op de dijk van de ringvaart van de Wijdewormer stond zijn nu alleen de fundamenten nog te vinden.

Sinds 1955 is de boerderij in het bezit van de familie De Hertog. 'Vader' Frans de Hertog kocht de boerderij die toen slechts bestond uit de stolp en de hooiberg en begon een melkveehouderij. Water moest uit een put gehaald worden en er was bij een beetje wind al storing in de bovengronds electriciteit.

Er is hard voor geploeterd om van deze boerderij een welvarend bedrijf te maken. In tijden van economische groei werd er geinvesteerd in ruime stallen met ligboxen met daarbij ook de eerste visgraadmelkstal van deze regio.

Sinds 1983 wordt boerderij Watervliet bestierd door Frans de Hertog jr. met zijn vrouw Truus. Vanwege de unieke waarde van het reservaatgebied waarin de boerderij gevestigd is, is er omgeschakeld naar een biologische bedrijfsvoering.

Dit hield in dat de veestapel moest worden ingekrompen om zo zonder gebruik van kunstmest toch voldoende voer te hebben voor al het vee. Er is onder andere een potstal gebouwd voor een overdekte vaste mestopslag.